三菱FX3U编码器的编程步骤如下：
复位操作
在启动计数器之前，通常需要先对计数器进行复位操作，以确保计数的准确性。可以使用复位指令 `RST C251` 将计数器复位。
启动计数器
使用相应的启动指令来启动高速计数器，例如 `LD X12 OUT C251`，其中 `X12` 为启动计数器的输入信号。
计数方向监控
通过特殊辅助继电器 `M8251` 可以监控计数器的计数方向，当编码器正向运行时 `M8251` 接通，反之断开。
示例代码
```pascal
// 定义计数器
VAR
C251 : INT； // 计数器变量
// 复位计数器
RST C251；
// 启动计数器
LD X12；
OUT C251；
// 监控计数方向
M8251；
```
编程环境
建议使用三菱电机官方提供的编程软件 GX Works2进行编程。GX Works2提供了直观的图形界面，允许用户进行PLC程序的开发、调试和维护。它支持多种编程语言，如梯形图（Ladder Diagram）、指令列表（Instruction List）和结构化文本（Structured Text）等。
其他注意事项
输入端子滤波器常数：使用高速计数器时，对应的输入端子滤波器常数会自动变化，X000~X005 为 5μs，X006 和 X007 为 50μs，并且这些输入端子不能重复使用，否则会导致程序运行错误。
计数模式选择：根据具体的测量需求选择合适的计数模式，例如单相单计数、单相双计数和双相双计数等。
通过以上步骤和示例代码，您可以在三菱FX3U PLC上对编码器进行编程。建议使用GX Works2软件进行编程，以便更高效地完成编程任务。