在数控铣床上同时加工两个孔，可以通过以下步骤进行编程：
确定加工的孔的位置和尺寸
根据零件图纸或工艺要求，确定每个孔的坐标和直径等参数。
选择合适的刀具和加工参数
根据孔的尺寸和材料特性，选择合适的刀具，并设置合适的进给速度、切削深度等加工参数。
编写加工程序
使用数控铣床的编程软件，根据机床的编程语言（如G代码和M代码）编写相应的程序代码。
在程序中，需要指定每个孔的坐标、刀具的补偿值、切削速度等参数。
进行程序调试和验证
将编写好的程序上传到数控铣床上，并进行调试和验证。可以通过手动模式进行程序的逐行调试，确保程序的正确性。
设置加工路径和切削参数
根据每个孔的位置和尺寸，编写相应的G代码，指定刀具移动到孔的位置，设置切削进给速度，选择合适的刀具。
模拟验证
使用数控编程软件或机床的模拟功能，对编写的程序进行验证。检查刀具路径和切削参数是否正确，避免出现碰撞或加工不良的情况。
开始加工
将工件固定在数控铣床上，启动加工程序，机床将根据程序的指令进行自动加工。在加工过程中，需要监控加工状态，确保加工质量。
示例程序
```plaintext
%0001
G90 M3 S1000 G54 G0 X0 Y0 Z0
G43 H1 Z100
G81 X100 Y100 Z-10 R5 F200
M98 P100 L5
G81 X200 Y100 Z-10 R5 F200
M30
```
在这个示例中：
`G90`：绝对坐标系
`M3`：主轴启动
`S1000`：切削速度
`G54`：工件坐标系
`G0`：快速定位到起始点
`G43`：刀具长度补偿
`H1`：刀具长度补偿值
`Z100`：刀具移动到Z轴的100mm位置
`G81`：固定循环，铣削第一个孔
`X100 Y100 Z-10 R5 F200`：指定第一个孔的位置、尺寸和进给速度
`M98`：调用子程序
`P100 L5`：调用子程序，进行第二个孔的铣削
`G81`：固定循环，铣削第二个孔
`M30`：程序结束
通过以上步骤和示例程序，可以实现数控铣床上两个孔的编程和加工。根据具体的加工需求和机床特性，可以适当调整程序和参数，以确保加工质量和效率。