明军在与清军的战争中失利的原因是多方面的，主要包括以下几点：
政治腐败：
明朝末年，朝政腐败，党争激烈，官员贪污成风，导致军事指挥系统混乱和低效。将领们为了个人利益勾心斗角，无法形成统一有效的战略部署。同时，朝廷对军队的补给和支持因官员贪污和挪用而无法及时到位，导致军队装备落后，士兵待遇低下，士气低落。
经济困境：
明朝末年，土地兼并严重，农民失去土地，社会贫富差距悬殊，导致国家税收减少。频繁的战争和天灾进一步加重了财政负担，使得朝廷无法为军队提供充足的军饷和物资。军队长期缺饷，士兵生活困苦，甚至出现哗变情况。
军事战略和战术失误：
明军在与清军的作战中，往往采取分兵把守的策略，导致兵力分散，无法形成有效的集中力量。战术上缺乏灵活性和创新性，对于清军的骑兵战术和突袭战术应对不足。相比之下，清军善于运用灵活多变的战术，充分发挥其骑兵优势，常常能够出其不意地击败明军。
将领素质参差不齐：
明军的将领素质参差不齐，一些将领缺乏军事才能和战略眼光，在作战中犹豫不决，错失战机。而清军则有诸如努尔哈赤、皇太极等杰出的军事统帅，他们具有卓越的指挥才能和战略智慧，能够准确判断战场形势，做出果断的决策。
民族矛盾和内部叛乱：
明朝末年，社会矛盾尖锐，农民起义不断，这些内部问题严重削弱了明军的战斗力。
军需粮草后勤问题：
明朝的军需粮草后勤补给不足，导致军队在战场上无法得到及时有效的支援。财政困难使得朝廷无法为军队提供足够的军饷和物资，士兵生活困苦，士气低落。
装备问题：
明军的装备问题尤为突出，甲胄质量差、刀刃迟钝，而清军则以强大的骑兵为主，具备了打了就跑的能力。明朝在萨尔浒之战后放弃了整个辽东，导致华北特别是北京变得异常危险。
指挥系统问题：
明朝的军事指挥系统存在诸多问题，如家丁制度加人头军功的弊端，导致军队在战斗中出现混乱。同时，明朝末年，朝廷对军队的控制力减弱，将领们各自为政，无法形成有效的协同作战。
综上所述，明军在与清军的战争中失利的原因是多方面的，包括政治腐败、经济困境、军事战略和战术失误、将领素质参差不齐、民族矛盾和内部叛乱、军需粮草后勤问题、装备问题以及指挥系统问题。这些因素共同作用，最终导致了明军的失败。