万历皇帝对张居正的恨意主要源于多方面的原因：
教育方式的严厉：
张居正对万历进行了严格的教育，希望他成为像唐太宗那样的明君。然而，这种教育方式让年幼的万历感到害怕，并对张居正产生了复杂的情感。
权力的压制：
张居正在担任首辅期间掌握了皇帝的实权，甚至不给万历留面子，直接自己盖章处理奏折，完全视皇帝为无物。此外，张居正还对反对他的人进行严厉惩罚，甚至将他们直接打死，这种权力欲极强的行为让万历对张居正产生了厌恶和恨意。
身体与心理的伤害：
万历皇帝在醉酒后找到一个太监要他唱歌，但那个太监不会唱歌，这件事传到了太后那里，太后给他看了一本书叫《霍光传》，暗示如果万历再不听话，就把他废掉。这让万历皇帝意识到张居正有能力废掉他，从而对他产生了极大的恐惧和恨意。
道德上的缺陷：
张居正私底下有很多道德上的缺陷，如奢侈浪费、卖弄官架子、好色和收取贿赂等。这些事情被万历帝知道后，进一步加深了他对张居正的痛恨。
政治斗争的影响：
张居正通过打击政敌和与太监合作，权倾朝野，得罪了不少大臣。满朝文武对他憎恨的人不在少数，这些反对和敌意也间接影响了万历对张居正的看法。
改革带来的反弹：
张居正的改革必然触动统治阶级权贵们的利益，在他死后，顽固守旧派的反击导致万历皇帝对张居正及其改革进行了全面的否定和“清算”。
综上所述，万历皇帝对张居正的恨意是由多种因素共同作用的结果，包括张居正的教育方式、权力压制、道德缺陷、政治斗争以及改革带来的反弹等。这些因素交织在一起，最终导致了万历对张居正的深刻恨意。