锦衣卫在明朝时期穿草鞋的原因主要有以下几点：
隐藏身份：
锦衣卫作为皇帝身边的心腹，有时需要外出办案或执行秘密任务，穿草鞋可以掩盖他们的身份，避免引起其他人的注意。
符合朝廷要求：
明朝对不同等级官员的穿着有严格的规定，锦衣卫虽然地位特殊，但在外出办案时，为了不违反朝廷的礼制，也会选择穿草鞋。
伪装成普通人：
锦衣卫在执行任务时，常常需要伪装成普通人，以便更好地进行暗访和调查。穿草鞋是其中一种伪装手段。
纪律严明：
明朝时期等级制度极其严明，朱元璋对穿着也有详细的规定。除了官员和儒生可以穿靴外，其他老百姓包括士兵都只能穿草鞋。锦衣卫作为皇帝的直属部队，虽然地位较高，但在执行任务时也需要遵守这一规定。
综上所述，锦衣卫穿草鞋主要是为了隐藏身份、符合朝廷要求、伪装成普通人以及遵守严格的等级制度。这种做法在明朝时期是合理且常见的。