慈禧太后杀光绪的原因主要有以下几点：
维护权力稳定：
慈禧太后深知一旦自己去世，光绪有可能重新掌权，推翻她的政治布局。因此，她在临终前除掉光绪，以确保自己的政治遗产得以延续。
防止光绪报复：
慈禧太后也担心光绪在死后会进行报复，将她的政治行为清算在清朝的历史上。她害怕遭到光绪的报复，因此选择在他死之前将其毒死。
确保继承人顺利接班：
慈禧太后将自己的侄女隆裕皇后提拔为皇后，意图让她在光绪去世能够继续影响朝政。为了确保隆裕皇后的权力不受阻碍，慈禧有必要确保光绪不会在她死后重新掌权。
政治理念不合：
光绪皇帝亲政后，推行了一系列改革，试图振兴清朝，这与慈禧太后保守的政治理念相冲突。慈禧太后认为光绪的改革会威胁到她的利益和地位，因此决定采取极端手段，杀死光绪以消除这一威胁。
个人恐惧和不安：
慈禧太后在修建陵墓时，甚至让100个小孩子穿修建，认为小孩子的灵魂可以帮她抵御怨魂。这反映出她对自己死后可能遭到报复的恐惧和不安，从而选择提前除掉光绪。
综合以上几点，慈禧太后杀光绪的原因主要是为了维护自己的权力稳定，防止光绪在死后进行报复，确保继承人顺利接班，以及消除光绪改革带来的威胁。