崇祯皇帝杀袁崇焕的原因是多方面的，主要包括以下几点：
不听话：
崇祯皇帝是一个自认为英明神武的皇帝，他不能容忍下属对他有丝毫的蒙蔽。袁崇焕在处理事务时，有时显得过于自信，甚至擅自处死了毛文龙，这在崇祯看来是“欺君之罪”。
专权擅杀：
袁崇焕在辽东的军事行动中，权力较大，甚至有时可以自行决定军事行动，而不经过崇祯的批准。这种专权行为让崇祯感到不安，并最终成为他杀袁崇焕的罪名之一。
己巳之变指挥不当：
在己巳之变中，袁崇焕在战场上的指挥受到质疑，导致崇祯皇帝对其产生疑虑。尽管袁崇焕最终取得了广渠门之捷，但这一战役仍然成为崇祯对他不满的导火索。
关宁军私兵化倾向：
袁崇焕在关宁军中的影响力较大，军队中有私兵化的倾向，这让崇祯担心袁崇焕可能会拥兵自重，甚至反叛。
反间计：
清军使用了反间计，故意散布袁崇焕与满人有密约的谣言，崇祯皇帝听信了这些谣言，最终导致袁崇焕被处死。
政治斗争：
明朝末年的政治环境复杂，宦官势力强大，崇祯皇帝在清除阉党的过程中，袁崇焕作为重要的军事将领，也受到了波及。他的死可能与清除阉党的政治斗争有关。
综合以上几点，崇祯皇帝杀袁崇焕的原因是多方面的，既有个人性格和信任问题，也有军事指挥和政治斗争的影响。尽管后来清朝乾隆皇帝为袁崇焕平反，但在当时，袁崇焕仍然被视为明朝的忠臣义士，其死无疑给明朝带来了巨大的损失。