长门在《火影忍者》中骨瘦如柴的原因主要有以下几点：
操控六道佩恩：
长门需要使用插在身上的查克拉棒来操控六道佩恩，并且要维持外道魔像。这些任务对查克拉的消耗极大，导致长门身体逐渐消瘦。
轮回眼的力量：
长门的轮回眼是宇智波斑移植给他的，拥有强大的力量。然而，这种力量需要消耗大量的查克拉和生命能量，使得长门身体变得虚弱。
救小南：
长门为了救小南，强行使用轮回眼的力量召唤外部恶魔，导致体内的脉轮被大量吸走，从而身体变得瘦削。
修炼忍术的艰辛：
作为忍者，长门需要不断修炼忍术，这也对身体造成了极大的负担。
战斗的消耗：
长门在战斗中频繁使用外道魔像等强大的忍术，这些术法不仅消耗大量查克拉，还会对身体造成严重的伤害。
综上所述，长门之所以骨瘦如柴，是由于长期操控六道佩恩、使用轮回眼的力量、救小南、修炼忍术的艰辛以及频繁战斗等多方面原因共同作用的结果。