慈禧太后杀珍妃的原因是多方面的，主要包括以下几点：
政治斗争
珍妃支持光绪帝进行戊戌变法，向慈禧太后争夺最高权力，触怒了慈禧太后。
珍妃的得宠导致慈禧太后侄女隆裕皇后的失宠，使慈禧和珍妃间的隔阂越来越深。
宫廷禁忌
珍妃多次违反宫闱禁忌，卖官受贿，破坏了宫廷的规矩与秩序。
珍妃倚仗光绪帝的宠爱，性格刚烈，不畏权贵，这进一步激怒了慈禧太后。
个人情感
慈禧太后早年守寡，心理受到影响，看到光绪帝与珍妃之间的深厚感情，心生嫉妒与怨恨。
慈禧太后认为珍妃年轻貌美，带着逃亡不安全，担心其会被八国联军玷污，从而破坏皇室的颜面。
国家利益
慈禧太后认为杀珍妃可以防范八国联军对皇室的侮辱，保护国家的长远利益。
慈禧太后为了国家长远利益着想，认为珍妃的存在威胁到了皇后的地位，也损害了她的权威。
综合以上几点，慈禧太后杀珍妃的原因是多方面的，既有政治斗争和宫廷禁忌的原因，也有个人情感和国家利益的考量。最终，慈禧太后在逃离北京前，以珍妃“年轻貌美，必遭洋人侮辱，愧对列祖列宗”之名，将珍妃投井杀害。