南京被称为石头城的原因主要与其地理位置和军事防御功能有关。石头城是指南京老城城西的石头山，孙权在石头山修建了石头城，用它作为保护东吴京师建业的资本，并预备军事石材，石材基地多建造了烽火台，在军事上用来立即发出报警信号。此外，石头城以清凉山西坡天然峭壁为城基，环山筑造，周长“七里一百步”，相当于现在的六里左右。
具体来说，石头城的名称来源于其地理位置和建筑特点。孙权在石头山上修建了这座城池，利用自然形成的石墙作为城墙的一部分，从而得名“石头城”。石头城不仅是东吴的重要军事要塞，还在军事上起着重要的防御作用。在三国时期，诸葛亮曾评价此地“钟山龙蟠，石头虎踞，真乃帝王之宅也”，因此孙权听取他的建议将都城迁移至秣陵，并在原有清凉山城池的基础上修建了一座新的石头城。
综上所述，南京被称为石头城，主要是因为孙权在石头山上修建了这座城池，并利用其天然峭壁作为城基，具有显著的军事防御功能。此外，石头城也是南京的重要历史遗迹和旅游景点。