孔融被杀的原因是多方面的，主要包括以下几点：
政治立场：
孔融是东汉末年的名士，忠于汉室，多次在朝堂上公然反对曹操的政策，指责其不臣之心。他的直言不讳的性格使得他在曹操心中逐渐失去了地位。随着曹操权力的巩固，他开始对孔融这样的异己分子进行清洗。
个人恩怨：
孔融与曹操之间存在个人恩怨。曹操的继承人曹丕私占袁绍之子袁熙之妻甄宓，孔融对此表示不满，并写信讽刺曹操。此外，孔融在公开场合多次发表言论抨击曹操对汉室不忠，这些行为让曹操极为愤怒。
性格因素：
孔融性格张扬，行为放荡不羁，不遵朝仪，秃巾微行，唐突官掖。在与祢衡的交谈中，他发表了许多不孝之言，这些行为严重触怒了曹操。
政治需要：
曹操为了巩固自己的权力，需要消除潜在的威胁，并向其他大臣传递一个信息：不顺从者，下场如同孔融。因此，他指使下属罗织罪名，诬告孔融“招合徒众，欲图不轨”，以谋逆之罪将其处死，并株连全家。
综上所述，孔融被杀的原因主要是政治立场、个人恩怨、性格因素以及曹操的政治需要等多方面因素综合作用的结果。