孙悟空怕水的原因存在多种解释，以下是几种较为可信的观点：
体质改变：
孙悟空被如来佛祖压在山下五百年，期间他饿了吃铁丸，渴了喝铜汁。由于铜和铁的密度比水大，孙悟空的体质发生了改变，变成了铜铁材质。因此，当他入水时，由于密度大于水，他会浮不起来，会沉入海底，这对他的神通负担非常大。
避水诀的局限性：
虽然孙悟空会使用避水诀在水中行走，但这种方法只能保证小范围的活动，无法应对大规模的水下战斗。
武器受限：
孙悟空的金箍棒在水中难以发挥全部威力，挥舞起来会受到水的阻力影响。
属性相克：
孙悟空的法术属性多是火属性，而五行之中水克火。因此，在水中孙悟空会受到属性上的压制。
身体重力改变：
如来佛祖在孙悟空被压五百年中给他吃的东西导致他身体重力不同寻常，入水时全身的力气都用在了对抗水的重力上，无法有效应对战斗。
综合以上几点，可以得出结论：孙悟空怕水主要是因为他的体质被改变，导致在水中行动不便，同时避水诀的局限性、武器受限以及属性相克等因素也加剧了他在水中的劣势。