凌晨三点鸡叫的原因主要是 公鸡打鸣，这是一种生物本能。公鸡的大脑里有一个分泌褪黑素的松果体，当太阳升起，褪黑素水平下降，就会引发公鸡打鸣。此外，公鸡打鸣还有宣示领土和家庭主权的作用。
具体来说，公鸡打鸣的原因可以归纳为以下几点：
生物钟：
公鸡的生物钟受到夜晚（黑暗中）时分泌的褪黑素影响。当光照和黑暗的周期发生变化时，公鸡会表现出如同人们跨大时区飞行后的时差现象，因此在凌晨三点打鸣。
褪黑素：
褪黑素是一种由松果体分泌的物质，能够抑制性激素的分泌，并直接控制鸟类的歌唱。当太阳升起，褪黑素水平下降，公鸡就会打鸣。
宣示主权：
公鸡打鸣也是一种宣示领土和家庭主权的行为，通过打鸣来标记自己的领地，防止其他公鸡入侵。
因此，凌晨三点鸡叫是公鸡的一种自然行为，主要受到生物钟和褪黑素的影响，同时也有宣示主权的作用。