菌落（colony） 是指在培养基上由单个细菌或真菌细胞繁殖形成的可见的集合体。当细菌或真菌在培养基上生长并繁殖时，它们会形成一个可见的聚集体，这就是菌落。菌落的形状、颜色、大小和质地等特征可以用来鉴定和分类微生物。
菌落的形成是微生物繁殖的结果，它们可以是圆形、不规则形状或分支状。菌落的颜色可能是透明、白色、黄色、粉红色等，这些特征有助于鉴定微生物的种类和性质。
菌落可以分为表面菌落和埋藏菌落。表面菌落是指在培养基表面生长的菌落，而埋藏菌落则是在培养基表面下生长的菌落。
菌落特征与微生物的菌体形态结构特征密切相关。例如，细菌、酵母菌不形成菌丝，其菌落仅生长在固体培养基表面，与培养基结合不紧密，可用接种工具将其全部挑起；而放线菌、霉菌的菌体大多分化为营养菌丝与繁殖菌丝，营养菌丝深入培养基中吸取营养，具有与培养基结合较紧，不易挑起等特征。
菌落总数测定是用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，它反映食品在生产过程中是否符合卫生要求，以便对被检样品做出适当的卫生学评价。