涉密软件的著作权申请流程与一般软件相似，但需要特别注意保密审查环节，确保项目保密性。以下是详细的申请步骤：
账号注册与实名认证
访问中国版权保护中心官网（https://www.ccopyright.com.cn）进行注册，选择个人或机构身份进行注册。
注册完成后，进行实名认证。个人需提供身份证正反面及手持身份证照片；机构需提供营业执照彩色扫描件或个人身份证正反面。
准备申请材料
填写软件著作权登记申请表，并生成受理号，打印出来并盖章或签字。
提供软件的鉴别材料，包括源程序和文档。一般需提交前、后各连续30页，不足60页的需提交全部内容。
根据申请主体不同，提供相应的身份证明文件，如营业执照、事业单位法人证书等。
提供软件使用操作手册或软件设计说明书等。
网上申请
登录中国版权保护中心官网，选择计算机软件著作权相关登记，填写申请信息，包括软件全称、简称、版本号、开发完成日期、权利取得方式、权利范围等，并上传相关申请材料。
确认无误后，打印签章页并上传扫描件（pdf格式），请勿擅自更改申请确认签章页的内容、格式和打印比例。
等待审核
材料提交后，版权保护中心会进行初步审查，如果一切顺利，就会进入受理阶段。
初审通过后，版权保护中心会进行复审，审查时间约为31-35个工作日，约45-50天左右出审查结果并公告。
领取证书
审查通过后，申请人可以领取著作权登记证书。自受理日起60日内审查完成所受理的申请，申请符合相关规定和要求的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
建议
保密措施：在申请过程中，确保所有提交的材料和源代码均符合保密要求，避免泄露敏感信息。
专业咨询：考虑聘请专业律师或服务机构提供咨询服务，确保申请过程符合相关法律法规，减少审核风险。
及时更新：保持与版权保护中心的沟通，及时获取最新的申请指南和要求，确保申请过程顺利进行。