软件企业可以将培训费用作为税前扣除的项目，从而减少应纳税所得额。具体扣除方式包括：
培训费用必须是为员工提供的培训，且与员工的工作岗位相关。培训费用必须是合理的、必要的支出，并且必须有相关的凭证和票据。
培训费用的范围，包括培训课程费用、培训材料费用、培训师傅费用、培训设备费用、培训交通费用和培训住宿费用等。
培训费用的扣除限额，企业可以将培训费用的20%作为扣除额度。
培训费用的扣除方式，企业可以选择一次性扣除或分期扣除的方式。一次性扣除适用于费用较低、周期较短的情况，而分期扣除适用于费用较高、周期较长的情况。
培训费用的申报和核算，企业需要及时记录和保存培训费用的相关凭证，如发票、收据等，并按照国家相关规定填写培训费用的申报表格。
培训费用的合规性，培训费用必须符合相关税法和财务制度的规定，确保合规性。
综上所述，软件企业在扣除培训费用时，需要确保费用与员工的工作岗位相关、合理且必要，并保留相关凭证和记录。在纳税申报时，企业应按照税法规定正确申报培训费用的扣除，并提交相应凭证。