软件服务费的审计主要包括以下几个步骤：
确定审计范围
审计范围应包括所有与软件开发相关的费用项目，如人力成本、硬件成本、软件成本、外包成本等。
需要特别关注整个开发周期，从项目启动到项目验收的各个阶段。
识别关键费用项目
关键费用项目通常包括人力成本、硬件成本、软件成本、外包成本等。
通过识别这些关键费用项目，审计人员可以有针对性地进行审计工作，确保所有重要的费用项目都得到了充分的审计。
验证费用真实性
验证费用的真实性是审计工作的核心任务之一，包括费用的发生、支付和记录等方面。
审计人员应通过核对合同、发票、支付记录等，确保费用的真实性和合法性。
账务处理
确认软件服务费用的发生，核对服务合同内容与发票信息是否一致。
将软件服务费用录入财务软件系统中，生成相应的会计凭证。
将软件服务费用记入相应的费用账户，如软件开发费用、软件维护费用等。
对软件服务费用进行核算分析，包括费用分类、费用趋势等。
审计程序要点
对分摊方式进行合理性评估，分析所选分摊因子是否与服务接受程度正相关。
详细审查成本费用归集的准确性，核对直接成本和间接成本的核算是否符合会计准则和企业内部规定。
验证服务的受益性，可通过对比子公司接受服务前后的经营指标变化来判断，如毛利率、市场份额等。
检查相关留存备查资料是否齐全、合规，确保符合税务机关和监管机构要求。
增值税处理
根据服务类型和税率计算增值税。
纳税人受托开发软件产品，著作权属于受托方的征收增值税；著作权属于委托方或双方共同拥有的不征收增值税。
一般提供现代服务业服务（有形动产租赁服务除外），税率为6%。
开具发票，并要求开具增值税发票，联系税务部门申请办理。
账簿记录和报表反映
详细记录收入、成本、税费等信息，确保账目清晰准确。
在财务报表中反映软件服务费的收入、成本和税费情况。
审核备查和存档归档
完成账目的编制后，需要进行内部审计和外部审计。
将编制好的账目和凭证进行存档归档，方便日后的查阅和审计，同时也是公司合规的要求。
通过以上步骤，审计人员可以全面、系统地对软件服务费进行审计，确保财务数据的准确性和真实性，并为企业管理提供参考和改进方向。