朱元璋杀沈万三的原因是多方面的，主要包括以下几点：
政治威胁：
沈万三的财富和影响力极大，广交权贵，这引起了朱元璋的警惕和猜疑。朱元璋担心沈万三这类大商人的富有和势力对政权造成威胁，尤其是考虑到沈万三与兴王朱荣美商议国家大事，有谋反之意，这使得朱元璋对沈万三产生了深深的戒备。
经济考量：
明初经济需要商人支持，但朱元璋同时又担心商人的富有和势力对政权造成威胁。朱元璋利用整顿货币和市场秩序的名义，大肆查抄商人的财产，并对他们进行打压。沈万三作为首富，他的死能化解刚刚结束动乱，国内疾苦民众仇视富人的心理，可以有效地缓解社会矛盾，并且朱元璋有大把理由将他的财富充公，这些钱财足够让大明政权直接步入正轨。
个人行为：
沈万三为人张扬狂妄，喜欢讲朱元璋这个皇帝请去家中，甚至夸下海口要替朱元璋犒赏三军。这种行为对皇帝来说无异于造反，显示出沈万三对皇权的挑战和不敬。
历史恩怨：
沈万三曾支持过朱元璋的对手张士诚，而张士诚的顽强抵抗让朱元璋花费了八个月才攻下苏州，使其心生怨恨。沈万三的财富和施恩行为被视为对皇权的挑战，最终导致他被流放到云南，客死异乡，沈家的财产也被彻底摧毁。
综上所述，朱元璋杀沈万三的原因既有因为沈万三潜在的政治威胁，也有朱元璋对商人阶层的制衡考量。这是朱元璋为了巩固新建立的政权稳定，对潜在异己势力的一次重要打击。