南怀瑾抽烟的原因主要有以下几点：
驱赶人味：
南怀瑾早年在峨眉山闭关，那里人迹罕至，山气清新，呼吸十分畅快。下山后，复闻“人”味，顿觉浊臭刺鼻，不堪忍受。为了驱赶这些不愉快的气味，他想到用烟气来掩盖，久而久之，形成了抽烟的习惯。不过，他抽烟只是将烟气在嘴里转个圈就吐出来，并不吸入肺部。
缓解疲劳：
南怀瑾平时白天有很多事务要忙，夜里还要看书、读经、回信、处理公文，经常搞到早晨五六点才睡，有时还要连续三四天上课。为了缓解疲劳，他一天昼夜喝茶，也会经常抽烟。
调节呼吸：
南怀瑾在闭关期间，学会了用安那般那（一种与呼吸相关的修行法门）来调节呼吸。抽烟也成为他调节呼吸的一种方式，他通过抽烟来保持呼吸的顺畅和舒适。
个人习惯：
南怀瑾一生中有很多习惯，抽烟只是其中之一。他的弟子刘雨虹女士解释说，南师抽烟主要是为了驱赶人味和缓解疲劳，而非真正的烟瘾。
综上所述，南怀瑾抽烟的习惯主要是为了驱赶不愉快的气味、缓解疲劳以及调节呼吸，而非真正的烟瘾。他抽烟的方式也很特别，只是将烟气在嘴里转个圈就吐出来，不吸入肺部。