大蛇丸杀死三代火影的原因是多方面的，包括个人恩怨、追求力量、摆脱晓组织的追杀以及剧情发展的需要。
个人恩怨：
大蛇丸和三代火影之间存在深刻的矛盾。大蛇丸对忍术研究的深入使他走上了与木叶村传统理念背道而驰的道路，而三代火影作为守护者，试图阻止他的疯狂行为。大蛇丸的叛逃和多次背叛使得他对三代火影充满了怨恨和不满，因此选择在入侵木叶时杀掉三代火影，作为对过去师徒关系的彻底清算。
追求力量：
大蛇丸是一个野心勃勃的忍者，他追求长生不老和更强的力量。他相信通过研究和掌握更多的禁术，可以实现自己的目标。三代火影掌握着许多强大的忍术和禁术知识，大蛇丸杀掉三代火影不仅可以削弱木叶村的防御力量，更可以得到他的忍术知识，为自己的研究提供更多的可能性。
摆脱晓组织的追杀：
大蛇丸为了摆脱晓组织的追杀，必须向忍界证明自己的实力。他联合音忍杀死了四代风影，冒名顶替四代风影参加木叶村的中忍考试。大蛇丸杀死三代火影最主要的原因是为了给自己造势，摆脱晓组织的追杀，让晓组织知道自己的实力，并且将目光放到群龙无首的木叶村，从而促进剧情的发展。
剧情发展需要：
岸本在创作《火影忍者》时，可能故意安排了大蛇丸杀死三代火影这一情节，以推动剧情的发展。这一情节不仅增加了故事的戏剧性，还为后续的剧情埋下了伏笔。
综上所述，大蛇丸杀死三代火影的原因是多方面的，既有个人恩怨和追求力量的动机，也有摆脱晓组织追杀和剧情发展的需要。