商鞅被杀的原因是多方面的，主要包括以下几点：
政治需要
巩固王权：商鞅变法加强了王权，削弱了贵族势力，这引起了贵族们的不满和敌意。秦惠文王作为新君，需要稳固自己的地位，树立权威，因此选择杀掉商鞅以消除潜在的威胁。
政治斗争：商鞅的声望和权力过高，甚至超过了新上任的秦惠文王，这对新君来说是不可接受的。为了消除这种威胁，秦惠文王必须采取行动。
利益冲突
王权与贵族的利益冲突：商鞅的改革触动了贵族的利益，使他们失去了世袭的特权，必须靠自己的努力才能获得爵位。这种改革让贵族们对商鞅恨之入骨，必欲置之死地而后快。
贵族的复仇：商鞅在变法过程中对太子师傅用刑，这成为他的一大罪状。此外，商鞅的严刑峻法也引起了许多反对和怨恨，贵族们趁机诬告他谋反，最终导致了他的死亡。
社会反响
天怒人怨：商鞅的改革虽然使秦国富强，但也引起了许多反对和不满，尤其是百姓和士大夫贵族们。他的法律过于严苛，导致社会矛盾激化，甚至有人认为他“天怒人怨”。
团结国人：为了平息众怒，新君必须杀掉商鞅，以换取国人的支持和信任。商鞅的改革措施使得百姓和上层社会之间的联系紧密，杀掉他有助于重新团结国人，认可国君。
性格因素
性格缺陷：司马迁认为，商鞅为人刻薄少恩，不讲人情，没有朋友，没有人性，因此惹人生气，一生背负恶名，最终导致了他的死亡。
综上所述，商鞅被杀的原因主要是政治需要、利益冲突、社会反响以及个人性格等多方面因素共同作用的结果。秦惠文王为了巩固自己的地位，树立权威，同时平衡王权与贵族的利益，最终选择了杀掉商鞅。