部队科长在职务级别上对应于 正营级或副团职。具体来说，科长通常编制于旅或师级单位，是正营或副营级别的职务，挂少校军衔。在团级或团以下单位，通常不设科长职位。此外，也有说法认为科长在师级机关中是副团职。
综合以上信息，可以得出结论：部队科长在职务级别上主要对应于正营级或副团职，具体军衔为少校。需要注意的是，这些信息是基于不同时间点的数据，实际情况可能会有所不同。