芽轴在种子萌发后会发育成 植物的主茎或主干。在种子萌发过程中，种子内的植物胚芽会向上生长形成芽轴，芽轴在一定程度上受到植物生长素的调节，不断伸长并逐渐分化出叶片、叶轴和节间等结构，最终形成植物的主茎或主干。
具体来说，芽轴的顶端有生长点，在芽轴上部，节和节间界限不明显，芽轴周围有许多叶原基和芽原基。在植物的生长过程中，芽轴会发育出新的芽、叶和花，进而形成分枝，最终在分枝之间形成主茎和侧枝。
因此，芽轴的发育对于整个植物的生长和发育有着重要的影响，而植物的生长和发育也受到环境因素的影响，探究植物生长发育的机理和适应性对于植物育种和农业生产都有着重要的意义。