乡镇卫生院院长的行政级别主要是 管理九级，对应的是科员级别。具体来说，乡镇卫生院作为县或乡设立的一种卫生行政兼医疗预防工作的综合性机构，其行政规格与县区内的其他站所相似，基本上都属于股级架构。因此，乡镇卫生院院长的三定即行政级别也就是管理九级，即科员级。
需要注意的是，虽然乡镇卫生院院长的职务听起来可能较高，但实际上他们的行政级别并不高。此外，如果乡镇卫生院院长任期满15年，根据相关规定，他们的行政级别可能会提升到主任科员1~2级，不满15年的则可能是主任科员3~4级。
总结来说，乡镇卫生院院长的行政级别主要是管理九级（对应科员），但在一些特定情况下，如任期满15年，他们的级别可能会提升到主任科员级别。