新疆在古代有多个称呼，主要包括：
柱州：
这是新疆最初的称呼，古代文献中有所记载。
西域：
自西汉时期起，新疆被称为西域，意为中国的西部疆域。张骞出使西域后，西汉政权与西域各城邦建立了联系，并在乌垒（今轮台县境内）设立西域都护府，自此西域正式列入汉朝版图。
高昌：
汉朝时期，新疆的高昌地区也是一个重要的城邦。
伊吾：
同样在汉朝时期，伊吾也是新疆的一个重要地区。
鄯善：
汉朝时期，鄯善也是西域的一个城邦。
准部 和 回部：
清政府统一西域后，其北部称准部，南部称回部，合称回疆，并设伊犁将军进行管辖。
新疆：
光绪十年（1884年），清政府正式在新疆设省，并取“故土新归”之意，改称西域为“新疆”。
综上所述，新疆在古代被称为柱州、西域、高昌、伊吾、鄯善等，最终在清朝乾隆时期被正式命名为“新疆”，寓意故土新归。