医院的管理主要归 卫生行政部门负责。具体来说，医院作为法定的医疗机构之一，由所在地区的卫生行政部门进行监管。国务院的卫生行政部门负责全国医疗机构的监管，而县级以上的卫生行政部门则监管本区域内的医疗机构。在医院内部，实行党委领导下的院长负责制，院长负责全院的行政和业务领导工作，各科室则实行科主任负责制，科室党支部负责监督各项任务的完成。
此外，卫生行政部门还负责医疗卫生方面的政策、环境工作，具体的执法、业务工作由下属事业单位等实施。下属事业单位包括负责行政执法的卫生监督局（所）、负责传染病、慢性病预防控制的疾病预防控制中心（以前叫卫生防疫站）、负责妇幼卫生的妇幼保健院，还有各级医院、乡镇卫生院等。
因此，卫生行政部门是医院的主要监管部门，负责医院的管理和监督工作。