绘制编程计数器流程图可以按照以下步骤进行：
新建元件库
启动protel 99SE，在D盘双击Documents图标，进入文件夹内。
执行“File\New……”命令，弹出文件图绘制窗口。
在“Graphical Attrs”选项卡内的Mode下拉箭头中选择其他模式（如Normal模式）。
编辑元件
如果库内已有类似元件，可以直接拷贝并做简单修改。
如果需要编辑全新的符号，可以双击Miscellaneous Device .lib里的元件，如DPY_7-SEG_DP，进行编辑。
添加流程图元素
在流程图中添加起点和终点，通常使用圆形表示程序的开始和结束。
添加判断符号（菱形），用于表示程序执行过程中的条件判断。
添加循环符号（矩形），用于表示程序的循环执行过程。
添加输入输出符号（梯形和平行四边形），分别表示输入和输出操作。
连接流程图元素
使用连接句柄将各个元素连接起来，表示程序的执行顺序和逻辑关系。
可以通过“样式”面板设置连接的样式，如线条颜色、粗细等。
添加文本内容
在流程图中添加必要的文本内容，如步骤说明、变量名等。
使用“文本”工具栏中的“文本工具”插入文本，并通过“文字”样式面板设置文本的属性和样式。
调整布局和美观
使用“排列”面板对多个元素进行排列，确保流程图的整洁和清晰。
避免交叉线条，保证流程图的易读性。
保存和导出
完成流程图设计后，保存并导出为所需的格式，如JPG、XSD、PDF等。
通过以上步骤，你可以使用protel 99SE或流程图制作工具（如迅捷画图）来绘制编程计数器的流程图。确保遵循基本的流程图绘制规则，使流程图清晰易懂。