宝马5系更换JBE模块并进行编程设码的步骤如下：
故障诊断
连接ISTA（Intelligent Diagnostic System）读取故障码，检查是否有与JBE模块相关的故障码。
检查保险丝是否完好，因为保险丝短路可能导致JBE模块无法正常工作。
检查锁块供电电路图，确认JBE模块驱动的锁块是否正常。
使用万用表检测JBE对锁块的输出端子（15/17号端子），判断JBE内部是否存在故障。
更换JBE模块
如果以上诊断步骤无法解决问题，可能需要更换JBE模块。
编程设码
更换JBE模块后，需要进行编程设码。具体编程设码步骤可能因车型和系统版本而异，建议参考宝马官方维修手册或咨询专业维修人员以获取详细的编程设码方法。
测试
完成编程设码后，重复测试各车门的上锁和开锁功能，确保故障已经排除。
请注意，进行这些维修和编程设码操作时，建议遵循先易后难的原则，尽可能排除干扰因素，以提高工作效率。如果您不熟悉这些操作，建议寻求专业维修人员的帮助。