神盾局（S.H.I.E.L.D.）的总部设在纽约市，具体位置是市中心的一座摩天大楼，被称为"谢拉菲斯大厦"（S.H.I.E.L.D. Headquarter Building）。这座大楼是一个高度安全的设施，配备了先进的防护系统和设备，以保护其内部人员免受外部威胁。
此外，虽然存在一些关于神盾局其他地点的信息，例如华盛顿·罗斯福大桥和纽约·时代广场，但这些地点并不是神盾局的主要总部所在地。
因此，综合以上信息，神盾局的主要总部位于纽约市的谢拉菲斯大厦。