软件按次收费的税费缴纳方式如下：
增值税
软件产品交付使用后，按期或按次收取的维护、技术服务费、培训费等收入，应按照增值税混合销售的有关规定征收增值税。
增值税的税率一般为13%，但若符合国家相关规定，软件企业可以申请软件产品增值税即征即退政策，退税比例为实际税负超过3%的部分。
营业税
对软件产品交付使用后，按期或按次收取的维护、技术服务费、培训费等收入，应征收营业税。
企业所得税
企业收取的培训费属于企业的营业收入，需要缴纳企业所得税。
企业所得税的税率一般为25%。
培训费一次性收取3年的，如果发票分三年开具，增值税和所得税要按三年分别确认收入，缴纳增值税和所得税；如果一次性开具增值税发票，则增值税和所得税要在一年内缴纳。
其他相关税费
企业收取的培训费可能还需要缴纳城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加等其他税费。
印花税
软件服务费的印花税通常按照合同金额的万分之三缴纳。
印花税一般是在合同签订时根据合同金额计算并缴纳。
建议
增值税即征即退政策：软件企业应了解并申请相关增值税即征即退政策，以减轻税负。
合同开具方式：在开具发票时，企业应选择合适的发票开具方式（如一次性开具或分次开具），以便正确核算收入并按时缴纳税款。
税务筹划：企业应综合考虑各项税收政策，进行合理的税务筹划，确保税务合规并优化税负。
请根据上述规定和企业的具体情况，计算应缴纳的税费，并按时进行申报和缴纳。