在Windows系统中，通过命令行（CMD）清理流氓软件可以采取以下几种方法：
使用系统自带的工具
chkdsk：检测磁盘并修复损坏的文件。
sfc/scannow：自动修复损坏的系统文件。
mrt：快速扫描并清理流氓软件。
通过任务管理器结束相关进程
打开任务管理器（Ctrl+Shift+Esc）。
查找并结束与流氓软件相关的进程。
手动删除相关的exe文件和dll文件，尤其是那些与Windows资源管理器关联的文件。
使用命令行删除软件
以管理员身份运行CMD。
使用`wmic`命令查看已安装软件的ID号，然后使用`msiexec/x {ID号}`命令卸载程序。
使用`product where name="程序名称" call uninstall`命令卸载程序（需要知道程序的确切名称）。
清理系统垃圾文件
使用`cleanmgr`命令清理系统垃圾文件，例如清理C盘的垃圾文件。
检查并删除注册表中的相关项
打开注册表编辑器（regedit）。
查找并删除与流氓软件相关的注册表项，以防止其自动重新安装。
建议
在执行任何删除操作之前，请确保备份重要数据，以防误删。
如果流氓软件已经造成了严重损害，可能需要使用系统还原点恢复到之前的状态。
定期更新操作系统和杀毒软件，以防止新的恶意软件入侵。