使用Face ID加密软件的方法如下：
通过设备本身的Face ID功能加密应用
打开设备的“设置”应用。
选择“Face ID与密码”或“Touch ID与密码”。
输入设备密码。
在“应用与网站密码”部分，选择要加密的应用，并启用“使用Face ID”选项。
这样，每次打开被加密的应用时，系统会要求使用Face ID进行验证，确保只有授权的用户可以访问应用中的内容。
越狱后使用BioProtect XS插件加密软件（适用于越狱设备）：
在Cydia或Sileo中搜索并安装BioProtect XS插件。
安装完成后，在iPhone设置中找到BioProtect XS，开启需要加密的软件、控制中心按钮等，根据需求选择使用Face ID、指纹或者密码来作为解锁方式。
使用iOS 18的单个应用锁功能（适用于iOS 18及以上版本）：
iOS 18将支持单个应用锁，并提供Face ID解锁，同时也适用于指纹解锁和密码解锁。
建议根据您的设备类型和操作系统版本选择合适的方法进行加密。对于大多数用户来说，利用设备本身的Face ID功能是最简单且安全的方式。如果您的设备已经越狱，可以考虑使用BioProtect XS插件来增强加密功能。对于iOS 18及以上版本的用户，可以利用系统提供的单个应用锁功能来保护应用数据。