内控软件填报过关的步骤如下：
封面新建
填写报告的基本信息，包括报告标题、单位名称等。
佐证材料附件池上传附件
如有必要，上传相关的佐证材料。
单位层面内部控制建设情况表填报
描述单位层面的内部控制建设情况。
业务层面内部控制建设情况表填报
详细说明业务层面的内部控制情况。
信息系统层面内部控制建设情况表填报
介绍信息系统层面的内部控制建设情况。
内部控制工作的经验、做法及取得的成效表填报
总结内部控制工作的有效经验和成果。
内部控制工作中存在的问题与遇到的困难表填报
反映在内部控制过程中遇到的问题和困难。
对当前行政事业单位内部控制工作的意见或建议表填报
提出对内部控制工作的意见和建议。
预算管理级次填报
根据单位的预算管理级次进行填报。中央部门本级及下属单位为中央级，垂管单位各省市县也为中央级，非垂直管理单位按照中央、省、市、县、乡五级预算管理级次填报。
审核与生成报告
完成上述报表的填报后，系统将进行运算审核，并生成《行政事业单位内部控制报告》文档。
导出与签章
导出内控报告为Word版，删除封面上的“标红事项”签章人名，然后打印内控报告报送相关人员签章。
数据导出与分析（如适用）：
根据需要，可以在数据分析阶段导出Excel数据到本地进行进一步分析。
在填报过程中，请注意以下几点：
确保所有信息的准确性和完整性。
随时保存填报内容，以免误操作导致数据丢失。
提交后数据不能修改，如有必要，可以通过线下方式联系上级单位或内控小组人员退回并重新修改。
确保操作系统和安装软件满足要求，建议使用Windows 7及以上版本。
通过以上步骤，您可以确保内控软件填报过关。