军分区司令员在军队中的级别是 正师级。具体来说，军分区司令员通常对应的是大校军衔，某些情况下也可能是少将。军分区作为省军区下辖的一个军事级别，负责所在地区（省辖市、自治州、盟）的军事工作，包括民兵、兵役、动员工作，以及边防守备任务。
总结来看，军分区司令员在军队中的职务级别为正师级，军衔为大校，某些情况下也可能是少将。这一级别在军队中属于高级军官，但低于军区的军长和省军区的司令员。