《蔷薇少女》的结局存在多个版本，具体如下：
动漫版结局
在动漫的大结局中，水银灯打败了苍星石，获得了其蔷薇圣母。雏莓因为失去了能量来源，变成普通的人偶，并把蔷薇圣母托付给真红。
最后，所有蔷薇少女（除了苍星石和雏莓）都回到了自己原来的地方，水银灯回到了生病的小女孩身边，只有苍星石和雏莓一直沉睡着。有传闻称在剧场版里真红把她们救活了，但具体情况不太清楚。
漫画版结局
漫画版结局较为悲惨，雪华绮晶先吞了水银灯的媒介，水银灯试图阻止但无力回天。真红在最后一刻强行和纯断绝契约，保全了纯。翠星石抱住苍星石，一起被吞了。最后，罗真的徒弟把其他人偶（除了苍星石和雏莓）都修好了，并告诉他们不必通过“爱丽丝游戏”才能成为真正的“爱丽丝”。最后，真红和纯一起走进通往N领域的门，寻找他们。
综合结局
综合来看，动漫版和漫画版的结局存在一些差异，但都表明最终所有蔷薇少女（除了苍星石和雏莓）都回到了自己原来的地方，或者被修复并回到主人身边。真红和纯也最终团聚，且罗真出现修复了其他人偶。
建议观看者可以根据自己的喜好选择观看动漫版或漫画版的结局，以获得更全面的剧情体验。