温太医自宫的原因主要有以下几点：
自证清白：
温太医被祺贵人诬陷，称甄嬛的孩子是他的。为了证明自己的清白，温太医选择了自宫，这样可以消除皇帝和众人的疑虑，表明自己与甄嬛之间没有不正当的关系。
保护所爱之人：
温太医与沈眉庄之间有着深厚的感情，并且沈眉庄腹中的孩子也是他的骨肉。为了避免眉庄因为误会而遭受更大的痛苦，温太医选择了自宫，从而保全了眉庄和孩子的安全。
权力交接：
温实初自宫后，他不能再被皇帝怀疑与妃子们有染，这也间接地保全了甄嬛一党的整体利益。温太医通过自宫，将太医的职位传给了自己的徒弟卫临，从而确保了甄嬛身边有一个可以信赖的太医。
消除后患：
自宫后，温太医彻底断绝了与甄嬛之间的任何暧昧关系，这样就再也没有机会因为男女之情而引发更大的麻烦。这一举动也是为了避免未来可能出现的类似困境。
综上所述，温太医自宫的动机既有自保的成分，也有保护所爱之人的考虑，同时也有权力交接的考量。这一极端的决定，虽然痛苦，但在当时的情况下，却是他所能采取的最佳选择。