小作坊需要办理的证件主要包括以下几项：
营业执照：
这是小作坊合法经营的基本证件，需要携带法人身份证、房屋有关证明到工商局填写工商营业执照申请表，提交并等待审核。
食品生产许可证：
小作坊生产加工的食品应当有包装和标签，标明食品名称、成分表、生产日期、保质期、贮存条件以及小作坊的名称、生产地址、联系方式、许可证编号等信息。从事网络食品经营的食品小作坊，还应当依照规定取得食品小作坊生产许可证。
食品卫生许可证：
这是证明小作坊食品卫生符合相关标准的证件。
健康证：
从事食品生产的人员需要持有健康证，以证明其身体状况适合从事食品生产工作。
税务登记证：
携带营业执照、法人身份证、机构代码到所在地的税务部门办理税务发票登记证明。
消防安全许可证：
根据行业不同，可能会需要办理消防安全许可证，以确保生产场所的消防安全。
特殊设备操作许可证：
如果小作坊使用特殊设备进行生产，可能还需要办理相应的操作许可证。
工艺流程图：
小作坊需要提供工艺流程图，以证明其生产过程符合卫生和安全要求。
厂房平面图：
需要提供厂房平面图，以证明生产场所的布局合理，符合卫生和安全要求。
产品检测报告：
小作坊需要提供产品检测报告，以证明其产品符合食品安全标准。
食品安全的规章制度：
小作坊需要制定并执行食品安全的规章制度，以确保食品生产过程的安全。
地方标准或企业标准：
小作坊需要执行地方标准或企业标准，以确保食品生产过程的规范性和安全性。
生活饮用水安全检测报告：
小作坊需要提供生活饮用水安全检测报告，以证明其生产用水符合卫生标准。
所加工食品的检验合格报告或食品主要安全指标合格证明：
小作坊需要提供所加工食品的检验合格报告或食品主要安全指标合格证明，以证明其产品符合食品安全标准。
建议小作坊在办理这些证件时，先了解当地的具体规定和要求，然后按照规定的流程和要求准备相应的材料，以确保能够顺利取得各项证件，合法合规地进行食品生产加工活动。