暗流在不同语境下有不同的含义，具体如下：
自然现象
暗流是指伏流、潜流，即看不见的流动。例如，小河流水在较浅的地方可能看起来平静，但水下实际上存在流动，这种流动就是暗流。大西洋暖流和印度洋暖流虽然看不见，但它们确实存在且流量巨大，影响陆地气候。
暗流也可以指水流遇到水底复杂地形时发生的流向变化，形成漩涡和暗流。例如，钱塘江的潮涌在深水区容易形成暗流，这种暗流具有较大的冲击力，对人和船只具有潜在的危险性。
社会动态
暗流比喻潜在的社会动态或思想倾向。例如，李大钊在《警告全国父老书》中提到“大日尔曼主义与大斯拉夫主义二大暗流，冲激摩荡，轧轹不已”，这里的暗流指的是潜在的社会或思想运动。
暗流涌动也可以用来形容潜伏在内里的东西已经开始显现，脱离静止状态，暗地里已经酝酿、形成了某种比较明确的动向。
宇宙现象
暗流在天文学中指的是部分星系团以异常的速度和方向运动，这种运动无法通过已知的物理规律或宇宙学模型解释。例如，亚历山大·卡什林斯基团队在2008年通过分析星系团的运动数据首次提出暗流现象。
暗流还可以指与许多星系团在同一方向上的莫名其妙的运动有关的物质流，这种流动的特点是速度恒定，与宇宙的一般膨胀不相符，是天体物理学中最大的谜团之一。
综上所述，暗流可以指自然界中看不见的流动，如小河流水下的伏流或潮涌形成的漩涡；也可以指社会或思想中的潜在动态；还可以指宇宙中星系团的异常运动或神秘的物质流动。具体含义需要根据上下文来判断。