转基因技术虽然带来了农业生产的显著进步，但其潜在的危害也不容忽视。以下是一些主要的危害：
破坏食物营养成分：
转基因食品中的主要营养成分、微量营养素及抗营养因子的变化，可能会降低食品的营养价值，使其营养结构失衡。
非正面地改变生态环境：
转基因作物在种植和生长过程中，与非转基因作物存在区别，可能对土壤和周边生态环境造成一定影响，这种影响不一定是正面的。例如，转基因作物可能会通过花粉传播等方式，将其携带的外源基因扩散到野生近缘种中，产生具有更强生存能力的“超级杂草或‘超级害虫’”，导致生物多样性的丧失。
使害虫升级：
转基因食品中含有灭杀害虫的基因，但害虫可以通过淘汰和进化，对这些特征产生更高的抵御性，导致农药也无法灭杀的可能。
过敏反应：
转基因食品中的基因片段可能引发新的过敏原，导致食用者出现过敏反应，如水肿、皮肤瘙痒等。
影响肠道功能：
转基因食品可能改变肠道中的微生物菌群，影响肠道的正常功能，导致消化问题。
毒性问题：
转基因过程中可能引入未知毒素或有害物质，长期食用可能对健康产生不利影响。
产生耐药性：
转基因食品中可能含有针对植物细菌虫害的药物添加，长期食用可能使人体对现有的药物产生耐药性。
诱发疾病：
长期大量食用转基因食品可能增加心脑血管疾病、不孕不育等疾病的风险。
免疫力低下：
转基因食品中可能含有不利于身体健康的成分，长期食用可能导致免疫力低下，增加感冒、发烧等疾病的风险。
心理影响：
转基因食品的安全性问题常常引发公众争议和担忧，可能对消费者的心理健康产生一定影响。
加重消化道负担：
转基因食品在加工过程中，由于基因的导入使用之后，可能会导致消化道的负担过重。
遗传毒性：
转基因食品中可能存在一些基因片段，这些基因片段可能具有潜在的遗传毒性，对机体造成长期的损害。
RNA潜在影响：
转基因作物可能意外表达与预期不同的微小RNA，这些分子在一定概率上可能通过食物链进入人体，干扰基因表达，进一步引发代谢或免疫问题。
尽管科学界对转基因食品的安全性已进行了大量研究，并认为经过批准上市的转基因食品与传统食品在安全性上并无本质差异，但长期潜在影响仍难以完全排除。因此，在推广转基因技术的同时，仍需对其潜在危害保持警惕，并加强监管和科学研究。