根本原因是指导致事物发生变化的根源或者导致事物发生变化的最本质的原因。它是指引起事物发展变化的诸多原因中起关键作用、决定作用的最重要的原因。根本原因通常是深层次的、内在的、不以人的意志为转移的、持久的、本质的、必然的因素。在哲学上，根本原因通常与事物的内部矛盾相联系，即内因是事物变化发展的根据，是事物发展的根本原因。
与之相对的是 直接原因，它是指对事物的发生发展起到最直接的推动，并直接促成其发生变化的原因。直接原因一般是分析出时间关系或逻辑关系上最为接近的因素，不经过中间事物和中介环节。
在分析根本原因时，通常需要从人类社会的基本矛盾、社会存在与社会意识的关系、内因和外因的关系、历史事件或政权的性质（或阶级本质）等方面入手。根本原因分析（Root Cause Analysis, RCA）是一项结构化的问题处理法，用以逐步找出问题的根本原因并加以解决，而不是仅仅关注问题的表征。
建议在进行根本原因分析时，采用系统化的方法，全面考虑各种可能的原因，并通过科学分析找出最本质的驱动力。这样做不仅有助于有效解决问题，还能防止问题再次发生。