井水可以使用以下方法进行消毒：
漂白粉消毒
漂白粉是氢氧化钙、氯化钙、次氯酸钙的混合物，主要成分是次氯酸钙（Ca（ClO）₂），有效氯含量为30%-38%。
使用方法：先将清水洗净井壁，抽干污浊的泥浆水，然后按每立方米水量投放1千克的漂白粉，浸泡24小时，再抽干水，反复满水抽干三次以上。
二氧化氯消毒
二氧化氯是联合国世界卫生组织（WHO）和世界粮农组织（FAO）列为A1级高效安全的水质消毒剂，可以快速杀灭水中的各种细菌、病毒，分解有毒及异味物质，且无毒害、无残留。
使用方法：将二氧化氯消毒剂装入容器中，灌水，用绳子拴住容器，并使容器浸于水面下40-50cm左右，借取井水时振荡，使容器中的氯液不断渗出与水接触，保持井水中经常有过量的有效氯进行消毒。
持续消毒法
在塑料容器上面或旁边钻一些小孔，孔的直径大概0.2-0.5厘米，根据水量和水质情况加入漂白粉精片，用细绳将容器悬在水中，使容器中的氯慢慢从小孔放出，以保持井水中一定的余氯量。
按时投放消毒剂
可以在晚上没有人使用时投放消毒剂，保证一天投放一次消毒剂，或者根据井水的深度和出水量，按时投放足量的消毒剂。
煮沸消毒
将水煮沸是有效的灭菌方法，在有燃料的地方可采用。使用前要使水持续沸腾3分钟，可以达到消毒目的。
净水设备消毒
对于非直接饮用的生活用水，可以使用漂白粉等杀菌剂消毒，也可以用在用水端采用高温消毒。
建议
新挖的水井：如果水质没有问题，水源没被污染，一般不需要消毒。只有在挖井时污染了井壁或井壁建筑材料带有害浮尘的情况下，才需要消毒。
定期消毒：为了确保井水的安全，建议定期进行消毒，特别是对于生活用水和饮用水。
使用食品级消毒剂：无论是使用漂白粉还是其他消毒剂，都应选用食品级消毒剂，并严格按照说明使用。
通过以上方法，可以有效地对井水进行消毒，确保水质安全。