折耳猫的主要缺陷是由其特殊的遗传基因所导致的一系列健康问题。这种遗传基因与一种名为“软骨发育不良”的遗传性疾病紧密相关，会导致以下问题：
关节疼痛和变形：
折耳猫的软骨组织异常，会导致关节疼痛，这种疼痛从幼年时期就可能开始出现，并且会随着年龄的增长逐渐加重。猫咪可能会出现跛行、走路姿势异常、不愿意跳跃等症状。关节还会逐渐变形，四肢的关节会变得肿大、扭曲，尾巴也可能变得僵硬、粗短。
骨骼问题：
折耳猫的骨骼问题不仅影响关节，还可能影响到呼吸系统。肋骨的变形可能会压迫肺部，导致呼吸困难。在一些严重的病例中，骨骼问题还可能影响到心脏，导致心肌病等心脏疾病。
耳朵感染：
折耳猫的耳朵由于向下折叠，通风不良，容易滋生细菌和真菌，导致耳部感染。猫咪可能会出现耳部瘙痒、红肿、分泌物增多等症状。
体质差：
折耳猫由于遗传病，骨骼发育可能不正常，导致体质较差，容易患上猫瘟、过敏、皮肤病等疾病。
心脏病：
折耳猫还容易患心脏病，例如心脏肥大，这种疾病很难早期发现，一旦出现明显症状，病情可能已经比较严重。
呼吸系统疾病：
折耳猫的呼吸道变窄，可能引起呼吸急促，严重时甚至需要手术治疗。
寿命较短：
由于上述健康问题，折耳猫的寿命通常比一般的猫短，很多折耳猫在年纪轻轻就出现了瘫痪行为。
综上所述，折耳猫虽然外表可爱，但由于其遗传性疾病，它们的生活质量和寿命可能会受到严重影响。因此，在考虑饲养折耳猫时，潜在的主人应该充分了解这些缺陷，并做好相应的准备和照顾。