针对几千个孔的编程问题，以下是一些有效的编程方法：
点位法编程
这是一种最基本也是最常用的铣孔编程方法。根据孔洞的位置坐标，通过指定机床的切削进给速度和刀具的切削参数，逐个点位地进行编程。这种方法简单直观，适用于简单的铣孔加工。
固定循环编程
对于重复出现的孔洞，可以使用固定循环编程。通过设定固定循环G代码命令，结合指定孔洞的参数信息，可以实现孔洞的快速编程。
宏编程
宏编程是一种可以自定义的编程方法，在使用相同的铣孔程序时可以提高编程效率。通过定义一段可复用的程序段，将其保存并命名为宏，以后使用时只需调用宏，就可以快速生成铣孔程序。
子程序编程
子程序编程是一种将常用的铣孔程序单独封装为一个子程序，需要使用时可以调用子程序进行编程。这种方法主要适用于多个程序段中需要多次使用相同铣孔程序的情况。
基于CAD/CAM软件的编程方法
CAD/CAM软件是一种强大的辅助设计和加工编程工具，可以帮助操作人员实现复杂大孔的编程。操作人员可以通过CAD软件绘制出工件的几何模型，然后通过CAM软件进行刀具路径的生成和优化。最后，将生成的数控程序导入数控机床进行加工。
基于宏指令的编程方法
宏指令是一种高级编程语言，可以将常用的加工操作封装成一个个的宏指令，方便操作人员进行复杂大孔的编程。操作人员只需要调用相应的宏指令，即可实现一系列的加工操作。
圆周孔加工宏程序编程
对于圆周上的等分孔，可以使用宏程序进行编程。通过设定圆心坐标、半径、始角和孔的个数，生成相应的宏程序，实现快速、准确的孔加工。
建议
选择合适的编程方法：根据具体的加工需求和机床类型，选择最适合的编程方法。例如，对于简单的大孔加工，可以采用手动编程或基于图形化界面的编程方法；对于复杂的大孔加工，建议使用CAD/CAM软件或宏编程方法。
优化加工参数：在编程过程中，合理设置切削进给速度、切削深度和刀具参数，以提高加工效率和孔的质量。
验证和测试：在实际加工前，建议先进行仿真或模拟，验证编程的正确性和可行性，避免出现加工错误。