要设置程序开机启动两次，你可以通过以下步骤操作：
通过注册表设置
打开注册表编辑器（`regedit`）。
导航到 `HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run`。
在右侧窗口中，你可以添加一个新的启动项，将你的程序路径作为键值。
为了实现两次启动，你需要添加两个相同的启动项，每个项的路径指向你的程序。
通过快捷方式设置
在 `C:\Documents and Settings\Administrator\｢开始｣菜单\程序\启动` 目录下，创建两个快捷方式，每个快捷方式指向你的程序。
通过Java代码实现
创建一个实现 `Runnable` 接口的Java类，并重写 `run（）` 方法。
创建两个线程实例，分别传入该类的实例作为参数。
启动这两个线程。
通过IDE配置实现
如果你使用的是IDE（如IntelliJ IDEA），你可以通过编辑运行/调试配置来实现。
创建两个运行配置，每个配置指向你的主类，并确保它们有不同的名称。
请根据你的具体需求选择合适的方法进行设置。如果你需要更详细的步骤，请提供更多的上下文信息，以便我能提供更精确的指导。