朱元璋的遗体最终葬在 南京明孝陵。明孝陵位于南京市玄武区紫金山南麓独龙阜玩珠峰下，是明朝开国皇帝朱元璋与其皇后的合葬陵寝。因皇后马氏谥号“孝慈高皇后”，又因奉行孝治天下，故名“孝陵”。其占地面积达170余万平方米，是中国规模最大的帝王陵寝之一。
尽管历史上存在关于朱元璋葬地的多种猜测，如南京朝天宫、北京万岁山等，但考古界普遍认为，这些猜测均无确凿证据。明孝陵自建成以来，一直是人们公认的朱元璋陵墓。朱元璋生前曾为自己选定了一处墓地，并在死后葬于此地，以符合他遵崇事死如事生的理念。
因此，结合历史记载和考古发现，可以确定朱元璋的遗体葬在南京明孝陵。