蔡英文的祖籍是 福建同安（今厦门市同安区）。她的先祖名为蔡攀龙，生于1738年，少时家贫，因力气很大被一老翁看上，招为女婿并建议其从军。蔡攀龙入伍后屡建战功，被提拔为厦门提标千总、分汛玉洲，后因功升为厦门守备。在乾隆朝，蔡攀龙曾一举平定台湾叛乱、收复了台湾，成为一等功臣。
因此，从血统上，蔡英文毫无疑问是中国人后裔，她的先祖开始，蔡氏家族便在台湾省延绵不绝。不过到了清末，甲午战后，清朝割让台湾给日本，蔡家也从官宦之家成为了贫困户。蔡英文的父亲蔡洁生出生时，已经一贫如洗。