灵宝天尊，作为道教“三清”尊神之一，他的居所是 上清境的玄都玉京仙府。在道教的宇宙观中，灵宝天尊是元气的化身，上清高圣太上玉晨元皇大道君，他居住在上清境的第二高位。在道教的宫观中，灵宝天尊通常被置于三清殿中，居于元始天尊的左侧，手捧如意，或持太极图或玉如意。夏至日是他的神诞日，人们常常在这一天以他为主神进行供奉。
此外，灵宝天尊还被视为大道化身之一，他在宇宙未形成之前，从混沌状态产生的元气所化生，原是“二晨之精气，九庆之紫烟”，后降临于世，住在上清境的玄都玉京仙府，万神朝拜，府中金童、玉女侍卫不计其数。
综合以上信息，可以确定灵宝天尊主要居住在上清境的玄都玉京仙府，并且在道教信仰中有着极其重要的地位。