黑社会性质的组织犯罪案件 由公安机关进行管辖。具体来说，涉黑性质的案件一般由黑社会性质组织所在地的公安机关进行管辖和办理。如果案件涉及多个地方，公安机关可以依照法律和有关规定一并立案侦查。对于案件管辖有争议的情况，由共同的上级公安机关指定管辖。此外，公安机关、人民检察院和人民法院在处理黑社会性质组织犯罪案件时，可以根据案件情况和需要，依法进行提级管辖或指定管辖。