慈禧太后在北京的故居主要有以下几个地方：
储秀宫：
位于紫禁城（故宫）的西六宫区域东北部，初名寿昌宫，明嘉靖朝改名储秀宫。慈禧太后入宫后住在这里，生下同治帝，册封兰贵人、懿嫔、懿妃、懿贵妃等身份，并在1884年重新搬回这里住了10年，前后累计居住了32年。
长春宫：
慈禧太后在1860年英法联军攻陷北京后逃往热河，风波过后回到紫禁城，移居到长春宫。
宁寿宫：
光绪年间，慈禧曾短期居住在宁寿宫。
颐和园乐寿堂：
晚年的慈禧离开了紫禁城，居住在颐和园的乐寿堂。
此外，慈禧太后在北京的出生地有争议，有说法认为她出生于北京西四牌楼劈柴胡同（今辟才胡同），也有说法认为她出生于长治县上秦村的关帝庙后，称为“慈禧娘娘院”。
综上所述，慈禧太后在北京的主要故居包括储秀宫、长春宫、宁寿宫和颐和园乐寿堂。