马俊仁的藏獒养殖基地主要位于 青海玉树、 北京和 上海。
青海玉树：
马俊仁曾在青海玉树州进行藏獒的驯化和养殖，这里生产的藏獒具有头大、毛长、吊嘴等特征，观赏性极高。
北京：
2003年4月18日，马俊仁在北京大兴区黄村镇韩园子村建立了东方瑰宝藏獒养殖中心，这是中国首家藏獒俱乐部的成立地。马俊仁的藏獒养殖基地拥有150多条大藏獒和100多条小藏獒，是中国最大的藏獒培育中心。此外，马俊仁后来隐居在北京房山区窦店镇交道西大街68号的院子里，专注于藏獒的照顾和研究。
上海：
马俊仁在上海奉贤区奉城镇大叶公路8169号设有上海马俊仁藏獒养殖有限公司，从事藏獒等犬类的养殖。
综上所述，马俊仁的藏獒养殖基地分布在青海玉树、北京和上海三地。